Sammensmeltingen av Pangea førte også til markante endringer i det globale klimaet. Det store sammenhengende landområdet fikk et typisk «kontinentalt» klima hvor det var tørt og varmt. Røde ørkenavsetninger er typiske for dette miljøet. Riftingen i Oslofeltet skjedde på denne tiden. Basalter, rombeporfyrer og enkelte røde sandsteinslag innimellom er bevart fra disse episodene.
I dette klimaet dominerte bregner, frøbregner og nåletrær. De eldste ginkgofyttene (en forløper for dagens ginkgo) er kjent fra slutten av perm. I de noe fuktigere områdene utviklet også amfibiene seg videre, og lokaliteter i både Texas og Tyskland er kjent for flotte fossiler av panserpadder og slektinger av dagens salamandere.
I dette tørre miljøet levde det en rekke reptiler. Noen av dem hadde trekk som minner om pattedyrene. Denne gruppen døde ut tidlig i trias, men underveis hadde det da utviklet seg en egen sidegrein: pattedyrene.
I takt med kontinentenes sammensmelting ble sokkelområdene stadig mindre, og de marine organsimene som levde på de grunne soklene ble kraftig berørt av dette. Det er en tydelig sammenheng mellom tilgjengelig areal og biologisk mangfold, så når sokkelarealet skrumper inn, så fører dette med seg en etter hvert dramatisk utdøing. Flere grunnhav tørket rett og slett inn i denne perioden. I Nordvest- Europa, spesielt i Tyskland, kjenner vi tykke lag av forskjellige salter, mens på Spitsbergen er det en tykk lagpakke bestående av gips – dette er typiske inndampningsmineraler.
Samtidig som Pangea samlet seg til et kontinent stod Sibir i brann. Eksplosive vulkanske prosesser sendte ut gasser til atmosfæren, mens lava trengte seg inn som lagganger og «grillet» organiske materiale som var magasinert i sedimentene. Denne grillingen utløste enorme mengde CO2 og CH4 (metan) som begge er kraftige «klimagasser». Resultatet var en voldsom drivhuseffekt, og det er påvist at den globale temperaturen steg 5-10 grader. Gassene medførte også anoksia (oksygenmangel) i havet, noe som igjen bidro til å ta livet av marine organismer.
Over 90 % av artene på jorden forsvant derfor i løpet av en kortvarig krise mot slutten av perm for om lag 252 millioner år siden. I havet ble omtrent 95 % av alle artene utslettet. Trilobitter, sjøskorpioner, tabulate og rugose koraller, flere ordner bryozoer (mosdyr), samt en rekke reptiler, insekter og planter ble borte for godt.
Karbonkretsløpet var ute av balanse. Det ble først stabilisert tidlig i trias, fem millioner år senere.
Skrevet av Hans Arne Nakrem